저도 리눅스를 설치하다가 그런 경험이 몇번 있습니다.
CGI만 실행하면 다운로드 창이 나타나서 얼마나 고생을 했는지...

http://www.netkiller.com
위쪽 주소로 가보세요. 제가 그곳에 질문을 올려놓았는데
답변이 올라왔습니다.
웹서버에 관련된 자료나 보안에 관련된 자료도 많아요.
그럼.
다시 수정했습니다. 다운로드는 제 생각으로 아시키모드나 바이너리 모드 때문에 발생하는게 아니라 웹서버가 cgi프로그램을 인식못해서 나타나는 것으로 알고 있습니다.
아파치를 사용하신다면 환경설정파일(http.conf)을 손봐줘야 합니다.
기억이 잘 않나네요. 죄송